È nata il 2 agosto 1942 a Lima e vive in California dal 1989.

Originaria del Cile, ha ottenuto la cittadinanza americana nell'anno 2003. Si tratta di una delle autrici più famose per chi ha la passione per i libri, grazie alle sue opere come La città delle bestie o La casa degli spiriti.

figlia di un diplomatico cileno, Tomas Allende, e di Francisca Llona.

Il padre lasciò moglie e figli quando Isabel aveva appena due anni.

La famiglia si trasferì dal nonno materno, un uomo benestante, in una bella casa a Santiago (poi evocata da Isabel Allende ne "La casa degli spiriti"), ma la piccola si rivelò subito vivace e ribelle, iniziando a contrastare ogni tipo di autorità, polizia e Chiesa prima di tutte.

Quando la madre sposò un altro diplomatico, Ramon Huibdoro, la famiglia di Isabel Allende iniziò a peregrinare dalla Bolivia all'Europa, al Libano. La giovane ebbe modo di studiare in scuole statunitensi e inglesi e di conoscere libri di autori famosi.

Sposatasi nel 1962 con Michael Frias, ha lavorato come giornalista per periodici e tv.

Nel 1973, dopo il drammatico colpo di stato che ha rovesciato il governo dello zio Salvador, Isabel Allende si è battuta da subito contro il regime militare e la sua sanguinosa repressione.

Nel 1975 ha lasciato il paese insieme al marito e ai figli Paula e Nicolas, per andare in Venezuela fino al 1988.
A quell'anno risalgono il divorzio da Frías ed il successivo matrimonio con William Gordon, con conseguente trasferimento in California, dove risiede tuttora, a San Rafael.

Vincitrice nel 1988 dell'American Book Awards con il romanzo Eva Luna, ne Il mio paese inventato Isabel rivela che Il piano infinito parla della vita di suo marito William.

Nel 1991 improvvisamente la figlia Paula, a ventotto anni, si ammala di una malattia rara e gravissima, la porfiria, che la trascina in un lungo coma.
La madre Isabel non abbandona la figlia per tutto il tempo e rimane al suo capezzale; durante tutto questo tempo comincia a scrivere, raccontando i ricordi della loro vita insieme in una commovente autobiografia.
Un anno dopo sua figlia muore, nel 1992, la Allende pubblica gli scritti nel libro Paula (1995).

Tre anni dopo, nel 1997, raccoglie alcune delle lettere di solidarietà e affetto ricevute da tutto il mondo nel libro Paula. Come molte altre personalità, nel 2000 ha partecipato alla vasta campagna di sensibilizzazione mondiale "Respect" promossa dall'Alto commissariato per i rifugiati delle Nazioni Unite: sulle note dell'omonima canzone di Aretha Franklin, diversi personaggi noti (fra cui, oltre alla stessa Allende, anche il segretario di stato Madeleine Albright e il premio Nobel Rigoberta Menchú Tum) hanno cantato e ballato. La campagna ha celebrato allo stesso tempo i primi cinquant'anni di attività dell'agenzia e i 50 milioni di rifugiati che sono riusciti a ricostruirsi una vita nella nuova terra d'adozione.
In tempi più recenti Allende si è dedicata alla stesura di una trilogia per ragazzi dedicata ai nipoti: i primi volumi sono stati La città delle bestie e Il regno del drago d'oro, a cui è seguito l'ultimo volume La foresta dei pigmei. Il 10 febbraio 2006 ha partecipato alla Cerimonia di apertura dei XX Giochi olimpici invernali di Torino 2006 portando, insieme ad altre sette donne famose, la bandiera olimpica.

Nel 1998 ha Ricevuto a Capri il Premio Malaparte.

Nel maggio 2007 è stata insignita a Trento della laurea honoris causa in lingue e letterature moderne euroamericane. Nel settembre 2010 è stata insignita con il Premio Nazionale Cileno per la Letteratura.

Il suo primo romanzo giallo è intitolato Il gioco di Ripper (2013). Cugina della deputata cilena Isabel Allende Bussi, nel 2015 si separa dal marito William Gordon.